Контрольная синтетическая РНК SIRV-Set 3 (Iso Mix E0 / ERCC), Lexogen, Lexogen

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.