Секвенирование NGS Выбраны параметры: Bio-Rad, Lexogen

Набор предназначен для амплификации кДНК, полученных с помощью наборов TeloPrime Full-Length cDNA.

В состав набора входят:

• мастер-микс для ПЦР;
• термостабильная ДНК-полимераза;
• прямой праймер;
• обратный праймер.

Праймеры, входящие в набор, могут быть заменены пользовательскими ген-специфическими праймерами.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Наборы SENSE mRNA-Seq Barcode Kit for Ion Torrent предназначены для мультиплексирования при получении библиотек с помощью наборов SENSE для РНК-секвенирования на платформе Ion Torrent.

В каждый набор входит 12 баркодов, позволяющих объединять в библиотеку до 8 или 24 образцов. Пришивка баркодов происходит на стадии обратной транскрипции-лигирования. Баркоды представляют собой 17-нуклеотидные последовательности на 5’-концах ридов; 9 уникальных нуклеотидов фланкированы справа и слева константными 4-нуклеотидными структурами (TCAG-баркод-CGAT).

Наборы SENSE mRNA-Seq Barcode Kit for Ion Torrent предназначены для мультиплексирования при получении библиотек с помощью наборов SENSE для РНК-секвенирования на платформе Ion Torrent.

В каждый набор входит 12 баркодов, позволяющих объединять в библиотеку до 8 или 24 образцов. Пришивка баркодов происходит на стадии обратной транскрипции-лигирования. Баркоды представляют собой 17-нуклеотидные последовательности на 5’-концах ридов; 9 уникальных нуклеотидов фланкированы справа и слева константными 4-нуклеотидными структурами (TCAG-баркод-CGAT).

Набор SPLIT RNA Extraction Kit предназначен для быстрого и эффективного выделения РНК, свободной от контаминации геномной ДНК. Выделение РНК производится из животных тканей или клеток. РНК может быть выделена как в виде суммарной РНК, так и в виде двух фракций — больших РНК (более 150 нуклеотидов) и малых РНК (менее 150 нуклеотидов). Это облегчает процедуру анализа мРНК и микроРНК в одном и том же образце.

Содержимое набора позволяет выделить суммарную РНК или фракцию больших РНК из 48 образцов. Если в дополнение к фракции больших РНК надо выделить фракцию малых РНК — набора хватает на 24 образца.

В состав набора входят буферные растворы, спин-колонки для сорбции РНК с диоксидом кремния и специальные колонки phase-lock для разделения водной и органической фазы.

Процесс выделения РНК начинается с гомогенизации образца в лизирующем буфере, содержащем кислый фенол. Затем образцы переносятся в колонки phase-lock, центрифугируются, и к водной фазе добавляется изопропанол. Объём изопропанола зависит от того, какая фракция РНК выделяется. РНК сорбируется на диоксид-кремниевой мембране спин-колонок и элюируется в виде чистого препарата.

Автономное решение для деплеции рибосомальной РНК после подготовки библиотеки. Позволяет уменьшить число фрагментов при картировании РНК, сохраняя больше фрагментов в транскриптоме.

Особенности:

• Эффективное удаление фрагментов рибосомальной РНК из библиотеки;
• идеален для небольшого количества материала и невысокого качества;
• совместимость с большинством наборов для подготовки библиотек РНК, используемых на платформах для секвенирования Illumina;
• универсальный протокол позволяет выполнять деплецию РНК из нескольких библиотек в рамках одной реакции.

Набор позволяет эффективно захватывать все подтипы РНК для составления единой библиотеки, даже при работе с образцами небольшой массы и невысокого качества:

• идеален для количественно малых и сложных образцов;
• валидирован на FFPE образцах и других образцах низкого качества;
• оптимизированный протокол (время выполнения менее 4 часов);
• интегрирован с ПО анализа данных SeqSense NGS Data Analysis Software в единую биоинформационную систему;
• совместим со всеми платформами для секвенирования Illumina.

Для получения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования для работы с набором предназначены высококачественные уникальные парные праймеры с двойным индексированием (предлагаются в вариантах на 12 или 96 UDI-праймеров).

В основе набора — разработанная компанией «Лексоген» технология лигирования специфических линкеров к кэпированному 5’-концу мРНК, (Cap-Dependent Linker Ligation, CDLL) в сочетании с обратной транскрипцией длинных последовательностей. Эта технология обеспечивает высокую селективность в отношении полноразмерных мРНК, которые обладают как кэпированным 5’-концом, так и полиаденилированным 3’-концом. Использование наборов TeloPrime обеспечивает полную представленность транскриптома и возможность длинных прочтений при его секвенировании.

Особенности наборов TeloPrime:

• высокая специфичность по отношению к 5’-кэпам и 3’-полиА;
• Новое! оптимизированы синтез второй цепи кДНК и её амплификация для преимущественного синтеза длинных кДНК (> 2 кб);
• набор идеален для секвенирования по технологии Oxford Nanopore, дающей длинные риды;
• все стадии — в одном протоколе;
• требуемое исходное количество РНК минимально — от 1 нг до 2 мкг;
• гибкий протокол предусматривает возможность использования пользовательских праймеров для обратной транскрипции.

Области применения наборов TeloPrime:

• подготовка библиотек для секвенирования по технологии NGS и Oxford Nanopore;
• RACE — быстрая амплификация концов кДНК;
• получение РНК-проб;
• получение кДНК для клонирования.

Протокол включает в себя следующие стадии:

• синтез первой цепи кДНК путём обратной транскрипции с олиго(дТ) праймером;
• лигирование специфического олигонуклеотидного дуплекса с 5’-концом полноразмерных дуплексов мРНК-кДНК;
• синтез второй цепи кДНК;
• амплификация двухцепочечной кДНК с праймерами, комплементарными концевым структурам полноразмерных кДНК.

В состав набора входят все необходимые реагенты и колонки для очистки продуктов реакций.
Реагенты для ПЦР также можно приобрести отдельно в виде TeloPrime PCR Add-on Kit V2.

Наборы TeloPrime обеспечивают более высокую точность при идентификации сайта начала транскрипции по сравнению с другими методиками синтеза кДНК — переключением цепи или использованием кэпирующих олигонуклеотидов.

• Анализ 3’-нетранслируемых областей и исследование альтернативного полиаденилирования;
• требуемое количество РНК — от 10 нг;
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.

Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.

Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.

В состав набора QuantSeq REV входит олиго-дТ праймер, вводящий линкерную последовательность Read 1 в состав синтезируемой цепи. Этой последовательности комплементарен праймер CSP (Custom Sequencing Primer), входящий в набор и дающий последовательность, соответствующую кДНК. Библиотеки, полученные с помощью QuantSeq REV, можно секвенировать по методу парных прочтений (paired-end).

В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов.

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.

• Анализ экспрессии всего спектра генов;
• выгодная альтернатива РНК-микрочипам и стандартному РНК-секвенированию;
• требуемое количество РНК — от 100 пг;
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений;
• для мультиплексирования доступны парное индексирование и уникальные молекулярные идентификаторы.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.


Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.


Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.


В состав набора QuantSeq FWD входит праймер для синтеза второй цепи, содержащий линкерную последовательность Read 1. Эта последовательность обеспечивает генерацию ридов при секвенировании в направлении 3’-конца, т.е. соответствующих прямой последовательности мРНК. Более длинные риды дают более полную последовательность 3’-концов.

Не рекомендуется секвенировать библиотеки QuantSeq FWD по методу парных прочтений (paired-end), так как линкерная последовательность Read 2 начинается с поли-Т, а гомополимеры снижают качество ридов.


В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов. В набор QuantSeq 3‘ mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) HT кроме i7, включены индексы i5 (5001-5004).

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.

Набор предназначен для получения библиотек, содержащих 3’-концевые последовательности полиА+мРНК, для секвенирования на платформе Ion Torrent. При этом риды генерируются в направлении 3’-концов, отражая истинную последовательность мРНК.

Для получения библиотеки достаточно 5 нг суммарной РНК, в том числе деградированной (например, из FFPE-образцов). Специфичность цепи при секвенировании составляет не менее 99.9%, что позволяет картировать риды на соответствующую цепь геномной ДНК. Это позволяет выявлять антисмысловые транскрипты и перекрывающиеся гены. Процесс получения библиотеки занимает около 4.5 часов.

Поскольку каждый транскрипт даёт только один фрагмент, не требуется нормализация по длине. Это позволяет количественно анализировать экспрессию генов с высокой точностью.

Для получения мультиплексных библиотек в состав наборов входит 24 баркода (набор А или набор В). Таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 48 образцов.

Набор предназначен для получения библиотек, содержащих 3’-концевые последовательности полиА+мРНК, для секвенирования на платформе Ion Torrent. При этом риды генерируются в направлении 3’-концов, отражая истинную последовательность мРНК.

Для получения библиотеки достаточно 5 нг суммарной РНК, в том числе деградированной (например, из FFPE-образцов). Специфичность цепи при секвенировании составляет не менее 99.9%, что позволяет картировать риды на соответствующую цепь геномной ДНК. Это позволяет выявлять антисмысловые транскрипты и перекрывающиеся гены. Процесс получения библиотеки занимает около 4.5 часов.

Поскольку каждый транскрипт даёт только один фрагмент, не требуется нормализация по длине. Это позволяет количественно анализировать экспрессию генов с высокой точностью.

Для получения мультиплексных библиотек в состав наборов входит 24 баркода (набор А или набор В). Таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 48 образцов.

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Illumina (также имеется аналогичный набор для Ion Torrent). Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. В состав набора входят индексы i7 (7001-7096) для бар-кодирования, а также предусмотрена возможность использования четырёх внешних индексов i5 (Dual Indexing Add-on Kit, Cat. No. 047). Это позволяет объединять до 384 образцов в одну библиотеку. Всего доступно 9216 комбинаций для секвенирования на платформе Illumina.
В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Ion Torrent (аналогичный набор предлагается для платформы Illumina). Предусмотрена возможность мультиплексирования – могут использоваться инлайн-баркоды (Cat. No. 007.08 и 007.24), позволяющие объединять в одну библиотеку до 24 образцов.

В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор буферов и колонок для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

Продукт доступен до 31.12.2019.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Набор содержит 12 уникальных адаптеров с двойным индексом в 12 отдельных флаконах с объемом, достаточным для восьми реакций в каждом флаконе.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Планшет содержит 96 уникальных адаптеров с двойным индексом, расположенных вдоль колонок в 96-луночном планшете для ПЦР.