Видео. Знакомство с системами для секвенирования нового поколения серии Ion GeneStudio S5, Thermo FS, англ., 2018 г.

Идентификация видов, присутствующих в образцах пищевых продуктов и кормах, является важным критерием для подтверждения подлинности, проверки происхождения, отслеживаемости сырья и для контроля качества процессов обработки на линиях производства.

Рабочий процесс Thermo Scientific NGS Food использует технологию секвенирования следующего поколения Ion Torrent для обеспечения нецелевого подхода к скринингу, позволяющего идентифицировать виды, содержащиеся в пищевых образцах как однокомпонентного, так и многокомпонентного сырья, путем сравнения с базой данных ДНК видов мяса, растений или рыб.

Ключевая особенность секвенатора ДНК 2-го поколения Ion GeneStudio S5:

• сокращение времени работы и сложности – реактивы plug-and-play на основе картриджа;
• быстрое получение результатов анализа – полный цикл секвенирования и анализ за часы;
• гибкая пропускная способность – выбрать чип, соответствующий вашим требованиям к пропускной способности (набор микросхем Ion 510 или 520 для идентификации видов пищевых продуктов).

Система Ion GeneStudio S5 использует скорость полупроводникового секвенирования, которая обеспечивает получение высококачественных данных секвенирования за несколько часов и позволяет перейти от библиотеки ДНК к данным всего за 24 часа. Благодаря однодневной установке, простому пользовательскому интерфейсу и картриджам с реагентами система Ion GeneStudio S5 проста и удобна в использовании.

Преимущества автоматизированного NGS-скрининга для мультивидовой идентификации:

• детекция всех мишеней (мясо, рыба и растения) в одном запуске;
• надежные результаты образцов из нескольких категорий продуктов питания (готовые к употреблению блюда, свежие продукты, супы, консервы и т. д);
• реагенты на основе картриджей «включай и работай»;
• быстрые результаты – полный цикл секвенирования и анализ за 24 часа;
• секвенирование ДНК – наиболее достоверный метод для подтверждения вида;
• методика определения вида методом секвенирования соответствует международному стандарту ISO TC 34/SC 16 ISO 22949-1 и ГОСТ 34106-2017.

Серия Ion GeneStudio S5 — это линейка высокоскоростных полупроводниковых настольных систем секвенирования следующего поколения (NGS). Имеется возможность масштабирования производительности на одной платформе, в зависимости от задач исследования, путем выбора одного из пяти чипов Ion Torrent. Возможность автоматической подготовки библиотеки, подготовки шаблона и загрузки чипа с использованием системы Ion Chef.

• Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540, Ion 550;
• время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
• ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
• при использовании чипов Ion 540 и Ion 550 анализ результатов с первого чипа производится одновременно со вторым запуском;
• размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
• вес — 63,5 кг.

Производительность и время запуска:

Тип чипа	Количество прочтений, млн	Длина прочтения (выход)	Время секвенирования и анализа (суммарно), часы
Ion 510	2-3	200 п.н. 0,3–0,5 Гб	3
		400 п.н. 0,6–1 Гб	5
Ion 520	4-6	200 п.н. 0,6–1 Гб	3
		400 п.н. 1,2–2 Гб	5,5
	3-4	600 п.н. 0,5–1,5 Гб	5,5
Ion 530	15-20	200 п.н. 3–4 Гб	4
		400 п.н. 6–8 Гб	6,5
	9-12	600 п.н. 1,5–4,5 Гб	7
Ion 540	60-80	200 п.н. 10–15 Гб	6,5
		200 п.н. 20–30 Гб 2 запуска в день	10
Ion 550	100-130	200 п.н. 20–25 Гб	8,5
		200 п.н. 40–50 Гб 2 запуска в день	12

Серия Ion GeneStudio S5 — это линейка высокоскоростных полупроводниковых настольных систем секвенирования следующего поколения (NGS). Имеется возможность масштабирования производительности на одной платформе, в зависимости от задач исследования, путем выбора одного из пяти чипов Ion Torrent. Возможность автоматической подготовки библиотеки, подготовки шаблона и загрузки чипа с использованием системы Ion Chef.

• Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540, Ion 550;
• время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
• ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
• размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
• вес — 63,5 кг.

Производительность и время запуска:

Тип чипа	Количество прочтений, млн	Длина прочтения (выход)	Время секвенирования и анализа (суммарно), часы
Ion 510	2-3	200 п.н. 0,3–0,5 Гб	3
		400 п.н. 0,6–1 Гб	5
Ion 520	4-6	200 п.н. 0,6–1 Гб	3,5
		400 п.н. 1,2–2 Гб	5,5
	3-4	600 п.н. 0,5–1,5 Гб	5,5
Ion 530	15-20	200 п.н. 3–4 Гб	5
		400 п.н. 6–8 Гб	8
	9-12	600 п.н. 1,5–4,5 Гб	8
Ion 540	60-80	200 п.н. 10–15 Гб	10
		200 п.н. 20–30 Гб 2 запуска в день	20
Ion 550	100-130	200 п.н. 20–25 Гб	11,5

Серия Ion GeneStudio S5 — это линейка высокоскоростных полупроводниковых настольных систем секвенирования следующего поколения (NGS). Имеется возможность масштабирования производительности на одной платформе, в зависимости от задач исследования, путем выбора одного из пяти чипов Ion Torrent. Возможность автоматической подготовки библиотеки, подготовки шаблона и загрузки чипа с использованием системы Ion Chef.

• Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540;
• время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
• ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
• размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
• вес — 63,5 кг.

Производительность и время запуска:

Тип чипа	Количество прочтений, млн	Длина прочтения (выход)	Время секвенирования и анализа (суммарно), часы
Ion 510	2-3	200 п.н. 0,3–0,5 Гб	4,5
		400 п.н. 0,6–1 Гб	10,5
Ion 520	4-6	200 п.н. 0,6–1 Гб	7,5
		400 п.н. 1,2–2 Гб	12
	3-4	600 п.н. 0,5–1,5 Гб	12
Ion 530	15-20	200 п.н. 3–4 Гб	10,5
		400 п.н. 6–8 Гб	21,5
	9-12	600 п.н. 1,5–4,5 Гб	21
Ion 540	60-80	200 п.н. 10–15 Гб	19