Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Illumina (также имеется аналогичный набор для Ion Torrent). Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. В состав набора входят индексы i7 (7001-7096) для бар-кодирования, а также предусмотрена возможность использования четырёх внешних индексов i5 (Dual Indexing Add-on Kit, Cat. No. 047). Это позволяет объединять до 384 образцов в одну библиотеку. Всего доступно 9216 комбинаций для секвенирования на платформе Illumina.
В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

Набор позволяет эффективно захватывать все подтипы РНК для составления единой библиотеки, даже при работе с образцами небольшой массы и невысокого качества:

• идеален для количественно малых и сложных образцов;
• валидирован на FFPE образцах и других образцах низкого качества;
• оптимизированный протокол (время выполнения менее 4 часов);
• интегрирован с ПО анализа данных SeqSense NGS Data Analysis Software в единую биоинформационную систему;
• совместим со всеми платформами для секвенирования Illumina.

Для получения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования для работы с набором предназначены высококачественные уникальные парные праймеры с двойным индексированием (предлагаются в вариантах на 12 или 96 UDI-праймеров).

• Анализ экспрессии всего спектра генов;
• выгодная альтернатива РНК-микрочипам и стандартному РНК-секвенированию;
• требуемое количество РНК — от 100 пг;
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений;
• для мультиплексирования доступны парное индексирование и уникальные молекулярные идентификаторы.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.


Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.


Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.


В состав набора QuantSeq FWD входит праймер для синтеза второй цепи, содержащий линкерную последовательность Read 1. Эта последовательность обеспечивает генерацию ридов при секвенировании в направлении 3’-конца, т.е. соответствующих прямой последовательности мРНК. Более длинные риды дают более полную последовательность 3’-концов.

Не рекомендуется секвенировать библиотеки QuantSeq FWD по методу парных прочтений (paired-end), так как линкерная последовательность Read 2 начинается с поли-Т, а гомополимеры снижают качество ридов.


В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов. В набор QuantSeq 3‘ mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) HT кроме i7, включены индексы i5 (5001-5004).

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.

• Анализ 3’-нетранслируемых областей и исследование альтернативного полиаденилирования;
• требуемое количество РНК — от 10 нг;
• можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов);
• методика включает стадию удаления глобиновой мРНК;
• анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом;
• можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.

Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.

Особенность методики — получение только одного фрагмента с одного транскрипта, что даёт возможность оценить уровень экспрессии с высокой точностью. При этом секвенируются последовательности в непосредственной близости от 3’-конца мРНК.

Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.

В состав набора QuantSeq REV входит олиго-дТ праймер, вводящий линкерную последовательность Read 1 в состав синтезируемой цепи. Этой последовательности комплементарен праймер CSP (Custom Sequencing Primer), входящий в набор и дающий последовательность, соответствующую кДНК. Библиотеки, полученные с помощью QuantSeq REV, можно секвенировать по методу парных прочтений (paired-end).

В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.

Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов.

В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.

Продукт доступен до 31.12.2019.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Настольный интегрированный инструмент для NGS, включающий в одном приборе блоки для подготовки образцов (образования кластеров), секвенирования и обработки данных и интерфейс для управления. Принцип секвенирования основан на технологии Solexa, включающей обогащение методом bridge-ПЦР на проточном чипе, секвенирование методом синтеза (SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидов и детекцию света флуоресценции от кластеров ДНК.

Основные применения:

• ресеквенирование ампликоновых библиотек;
• проверка результатов клонирования и генной модификации;
• мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов);
• таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней;
• поиск мутаций;
• HLA-типирование;
• секвенирование малых РНК;
• эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования;
• целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.

• Продолжительность запуска, часов – 4-55;
• максимальная производительность, Гб – 15;
• число прочтений за запуск, млн – 1-25;
• максимальная длина прочтения – 2×300 п.н.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Набор содержит 12 уникальных адаптеров с двойным индексом в 12 отдельных флаконах с объемом, достаточным для восьми реакций в каждом флаконе.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Планшет содержит 96 уникальных адаптеров с двойным индексом, расположенных вдоль колонок в 96-луночном планшете для ПЦР.

Автономное решение для деплеции рибосомальной РНК после подготовки библиотеки. Позволяет уменьшить число фрагментов при картировании РНК, сохраняя больше фрагментов в транскриптоме.

Особенности:

• Эффективное удаление фрагментов рибосомальной РНК из библиотеки;
• идеален для небольшого количества материала и невысокого качества;
• совместимость с большинством наборов для подготовки библиотек РНК, используемых на платформах для секвенирования Illumina;
• универсальный протокол позволяет выполнять деплецию РНК из нескольких библиотек в рамках одной реакции.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Ion Torrent (аналогичный набор предлагается для платформы Illumina). Предусмотрена возможность мультиплексирования – могут использоваться инлайн-баркоды (Cat. No. 007.08 и 007.24), позволяющие объединять в одну библиотеку до 24 образцов.

В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор буферов и колонок для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

BluePippin — система препаративного электрофореза и пульс-электрофореза, позволяет разделять и выделять фрагменты НК, размером 90-50000 п.н., а так же белки массой 18-200 кДа.

• Одновременный прогон до 5 образцов;
• напряжение при электрофорезе, В — 25, 100 и 150 (постоянный ток), или 100 в режиме пульс-электрофореза;
• ток (на каждую дорожку), мА — 2 или 3;
• длина волны возбуждения, нм — 470;
• длина детекции, нм — 525;
• максимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, мкг — 5;
• минимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, нг — 15;
• размер ДНК - 100 bp - 50 kb;
• точность выделения, % - > 93;
• воспроизводимость выделения, % - > 92;
• минимальное распределение по размерам, % - 8;
• выход образца, % - 50-80;
• габариты, ШхГхВ, см — 28х53х18;
• вес, кг — 7.

Области применения:

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina);
  5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies);
  GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• улучшение библиотек при проведении эмульсионной ПЦР с помощью систем QX100 и QX200 с автоматической системой генерации капель (Bio-Rad);
• выделение НК и белков.

Принцип работы: в системе используются готовые картриджи на пять изолированных капилляров, заполненных агарозным гелем разной процентной концентрации, которая выбирается пользователем в зависимости от величины фрагмента образца. В конце каждого капилляра имеется Y-образное разветвление. Оба выходящих капилляра имеют независимое подключение к катодам. Движение фрагментов ДНК в капилляре как и в «классической» методике происходит под действием тока, но при приближении фрагментов ДНК требуемого размера к месту разветвления, происходит переключение катодов, и искомый фрагмент попадает в боковое ответвление капилляра и собирается в канале для сборки. Для проведения электрофореза нуклеиновых кислот используется Tris-TAPS (или Трис-ТАПС) буфер, для белков — SDS-буфер. Программное обеспечение определяет время элюирования на основе миграции ДНК-маркера.

4 режима программирования:

1. Tight (узкий) – сбор коротких фрагментов образца, выбирается в основном для работы с молекулами небольших размеров.
2. Range (диапазон) – пользователь может сам выбрать диапазон размера фракций который ему необходим. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
3. Time (время) – коллекционирование образцов происходит в зависимости от заданного времени. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
4. Peak (пик) – сбор пиков (нескольких фрагментов разного размера).

3 стратегии детектирования фракций:

• Для ДНК малых размеров (90 п.н. -1,5 тыс.п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внутренними флуоресцентно-мечеными маркерами. В качестве внутренних стандартов используются флуоресцентно-меченые маркеры ДНК, определенной молекулярной массы. Добавляются в лунку совместно с исследуемым образцом. Одновременно возможен анализ 5 образцов.
• Для ДНК больших размеров (> 2 тыс. п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внешним флуоресцентно-меченым маркером. В качестве внешнего стандарта используется флуоресцентно-меченый маркер ДНК определённой молекулярной массы, добавляется в отдельную лунку. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.
• Для выделения ДНК с дорожки (band capture) (> 2 тыс. п.н.):
  Окрашивание образцов флуоресцентным красителем Midori Green. Образцы окрашиваются флуоресцентным красителем Midori Green. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.

Преимущества метода:

• Время подготовки — 3 минуты, время проведения самой процедуры — 50-100 мин в зависимости от размеров фрагментов.
• Благодаря готовым гелевым чипам достигается максимальная воспроизводимость экстракции и, как следствие, более точный результат секвенирования.
• Каналы, в которых идёт разгонка, полностью изолированы друг от друга, что снижает риск перекрёстной контаминации.
• Отбор осуществляется, автоматически в соответствии с заданным через ПО диапазоном длин фрагментов, что может использоваться для секвенирования спаренных концов.
• Отбор образцов из пробоотборной камеры производится вручную с помощью стандартного дозатора.

Схема работы:

1. Пробоподготовка:
• Подготовка материала, если используются внутренние стандарты: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл флуоресцентно - меченного маркера.
• Подготовка материала, если используется внешний стандарт: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл загрузочного раствора. 40 мкл готового стандарта помещается в отдельную дорожку.
• В случае с красителем Midori Green, 40 мкл красителя помещается в каждую из пяти + буферную камеру и при включении тока будет двигаться на встречу образцам.
2. Эксперимент:
• Выбираем картридж в соответствии со стратегией, с помощью которой будет производиться детектирование НК;
• помещаем картридж в прибор и выбираем её в ПО из списка предложенных программой (ПО само установит все необходимые параметры для проведения электрофореза под выбранный картридж);
• По истечении времени, заданного программой, образец аккуратно собираем из коллектора фракций пипеточным дозатором.

Информация о свежих статьях:

1. Nature Methods. Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies (июнь, 2015); Authors: Matthew Pendleton, Robert Sebra, Andy Wing Chun Pang, Ajay Ummat et al.
2. BioTechniques. Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing. (май, 2015) DOI:10.1038/nmeth.3454; Authors: Kaori Tatsumi, Osamu Nishimura, Kazu Itomi, Chiharu Tanegashima, and Shigehiro Kuraku.

Видео:
Системы препаративного электрофореза BluePippin и Pippin Prep

Для проведения пульс-электрофореза применяется специальный источник питания Pippin Pulse.