Высокопроизводительное генотипирование в сельском хозяйстве и ветеринарии

Современная селекция базируется на использовании молекулярных маркеров (последовательностей нуклеотидов). Микрочипы Axiom (технология microarray) предоставляют селекционерам мощный инструмент для идентификации, проверки и скрининга генетических признаков растений и животных. Панели AgriSeq (технология таргетного секвенирования) позволяют анализировать конкретные участки генома (локусы), а не весь геном целиком. Данные технологии значительно упрощают и ускоряют работы по генотипированию.

Микрочипы Axiom

Генотипирование при помощи ДНК-микрочипов позволяет эффективно исследовать геномы любой плоидности и размера. За одно исследование возможно проанализировать сотни тысяч маркеров, включая точечные полиморфизмы (SNP), инсерции, делеции, изменчивость копийности участков генома (CNV). Широкий охват маркеров позволяет выбрать наиболее информативные, в том числе для разработки микрочипов для рутинной диагностики или оптимизации дизайна панелей AgriSeq.

Автоматическая система Gene Titan

Микрочипы Axiom, 384- и 96-матричный формат

Микрочип Axiom, mini 96-формат

Скриншот экрана Axiom Analysis Suite

Особенности микрочипов Axiom:

• отсутствие выпадений маркеров (SNP dropout) на конкретном планшете и между разными партиями, поскольку зонды наносятся непосредственно на подложку методом фотолитографии;
• нет необходимости в валидации партии микрочипов (подтверждения наличия всех маркеров);
• планшеты различной плотности: 24-, 96-, mini 96-, 384-матричные форматы;
• индивидуальный дизайн чипов на основе базы маркеров Axiom Genomic Database;
• помощь профессиональных биоинформатиков в подборе маркеров для конкретной задачи;
• возможность использовать на одном планшете маркеры для разных биологических видов без ограничений по количеству видов и маркеров на каждый вид;
• возможность анализа SNP, расположенных в геноме на расстоянии от 10 п.н. друг от друга;
• полностью автоматизируемый и легко масштабируемый процесс;
• срок годности микрочипа — 24 месяца.

Таргетное секвенирование. Панели AgriSeq

Панель AgriSeq

Секвенатор Ion Gene Studio S5

Чип для высокопроизводительного секвенирования Ion 520

Рабочий процесс с использованием панелей AgriSeq

Особенности панелей AgriSeq:

• комплексное решение от проектирования панелей до внедрения;
• возможность создания индивидуальных пользовательских панелей (срок 2-6 недель);
• наличие более 130 индивидуальных (custom) панелей для 29 видов животных и растений;
• собственная русскоязычная команда специалистов по биоинформатике для разработки индивидуальных панелей под задачи конкретного пользователя;
• количество анализируемых точечных полиморфизмов (SNP) — от 50 до 5000 на панель;
• время, требуемое для анализа — 2 суток;
• ожидаемый уровень определения (call rates) — 95%;
• максимальное количество анализируемых образцов (чип Ion 550, 100-кратное покрытие) — 1536;
• высокая степень масштабируемости и автоматизации.

См. также:

• Секвенаторы ДНК 2-го поколения NGS
• Спектрофотометры
• Станции выделения НК и белков
• Флуориметры, люминометры
• Электрофорез препаративный
• Электрофорез капиллярный на чипе

Ниже вы можете задать вопрос или оставить запрос в свободной форме