Вся структура генома в одном исследовании. Хромосомный микроматричный анализ

30.11.2020

Хромомсомный мироматричный анализ – это полногеномный метод исследования высокого разрешения, который используется для выявления различных видов хромосомного дисбаланса, включая аномалии, определяемые при стандартном кариотипировании, а также субмикроскопические делеции и дупликации, называемые вариациями числа копий (CNV).

Система для проведения микроматричного анализа GeneChip Scanner 3000 7G System

Платформы для хромосомного микроматричного анализа (ХМА) позволяют обнаружить:

Вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, в т.ч.:
- микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. до млн. п.н (и точное определение их генного состава);
- анеуплоидии;
- несбалансированные транслокации;
- точное определение точек разрыва;
- мозаицизм;
- нарушение плоидности;
- участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетрозиготности (cnLoH);
- хромотрипсис.
Определить точечные полиморфизмы (SNP).
Выявить частые мутации в генах.
Определить видовую принадлежность ДНК.
Провести анализ экспрессии генов.

Принцип работы оборудования для ХМА:

Для проведения ХМА используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 п.н.) или фрагменты ДНК (более 100 п.н.). Матрицы, используемые для ХМА, содержат до 6,85 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома.

Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов.

Применения в клинической практике:

в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода при наличии биохимических, ультразвуковых маркеров хромосомной патологии (ХП) плода, при повышенном риске ХП по результатам неизвазивного пренатального теста (НИПТ);
в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, малыми аномалиями развития, задержкой развития, аутизмом;
для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности;
в онкологии для исследования опухолевых клеток.

Хромосомный микроматричный анализ в отношении опухоли может использоваться у больных миелодиспластическим синдромом при нормальном кариотипе. ХМА обнаруживает достаточно мелкие изменения, которые, позволяют определять прогноз и тактику лечения пациентов.

Сравнение ХМА и классических цитогенетических методов

Характеристика	ХМА	Кариотип	FISH
Анеуплоидии	Да	Да	Да
Делеции/дупликации	Да, от 1 kb	Да, от 10 Mb	Да, 80-200 kb
Потеря гетерозиготности	Да, от 3 Mb	Нет	Нет
Родство	Да	Нет	Нет
Однородителькие дисомии	Да	Нет	Нет
Сбалансированные транслокации	Нет	Да	Да
Тип материала	Любой материал, содержащий ДНК	Делящиеся клетки, необходимость культивирования	Делящиеся клетки, необходимость культивирования
Достоинства	Полногеномный, высокое разрешение, обьективный, точный, быстрый	Выявляет сбалансированные трансолокации	Способен подтверждать сбалансированные транслокации
Недостатки	Не определяет сбалансированные транслокации	Низкое разрешение, субьективный, длительный	Возможно исследование только заранее определенной области генома

Применения в агрогенетике:

идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных;
ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.

Основные современные технологии ХМА

Проведение ХМА включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию, гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию полученных данных.

Системы для ХМА

GeneChip Scanner 3000 7G System

В комплектацию этой системы входят сканер GeneChip Scanner 3000 7G, промывочные станции Fluidics Station 450, гибридизационная печь Hybridization Oven 645. Cканер GeneChip Scanner 3000 7G сочетает в себе усовершенствованный дизайн со сканированием и автоматизацией для значительного повышения эффективности анализа.

При использовании системы для автоматической загрузки образцов Applied Biosystems GeneChip AutoLoader, Scanner 3000 7G полностью освобождает вас от необходимости следить за сканированием ваших чипов. Scanner 3000 7G легко умещается на лабораторном столе. Его твердотельный лазер не нуждается во внешнем источнике питания или системе охлаждения, которые обычно располагаются под столом.

Превосходная производительность и расширенные возможности GeneChip Scanner 3000 7G обеспечивают более согласованные результаты, улучшая целостность данных и упрощая обмен данными между исследователями.

GeneTitan Multi-Channel (МС)

GeneTitan Multi-Channel (МС) объединяет в себе печь гибридизации, отмывочные станции и устройство визаулизации, что позволяет полностью автоматизировать процесс проведения анализа.

Данная система поддерживает 16-, 24-, 96- и 384-луночные микроматричные планшеты, благодаря чему становится возможным единовременное и автоматическое проведение анализа большого количества образцов.

GeneTitan MC обеспечивает наивысшую пропускную способность и производительность лаборатории в расчете на одного специалиста, сводя к минимуму вмешательство пользователя и позволяя параллельно обрабатывать большое количество образцов в течение ночи без участия оператора. Эта уникальная степень ручной автоматизации означает, что ваши данные будут постоянно воспроизводиться, ваша лаборатория будет более продуктивной, и вы сможете тратить меньше времени на сбор данных и управление ими и больше времени на науку.

Система ХМА GeneTitan Multi-Channel (МС)

Пока нет данных. Перейти в каталог

Развернуть все Названия полностью

Thermo FS Система для проведения микроматричного анализа GeneChip Scanner 3000 7G System
A39055_компл							По запросу По запросу
Сканер GeneChip™ 3000 7G предназначен для проведения хромосомного микроматричного (ХМА) анализа, позволяющего проанализировать структуру всего генома в одном исследовании используя SNP-однонуклеотидные матрицы. Области применения: хромосомный микроматричный анализ позволяет обнаружить: вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, включая: микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. п.н. до млн. п.н (и точное определение их генного состава); анеуплоидии; несбалансированные транслокации; точное определение точек разрыва; мозаицизм; нарушение плоидности; участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетерозиготности (cnLoH); хромотрипсис; определить точечные полиморфизмы (SNP); выявить частые мутации в генах; определить видовую принадлежность ДНК; провести анализ экспрессии генов. Применения в клинической практике: в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода; в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, задержкой развития, аутизмом; для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности; в онкологии для исследования опухолевых клеток. Применения в агрогенетике: идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных; ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий. Принцип работы: Для проведения хромосомного микроматричного анализа используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 нп) или фрагменты ДНК/РНК (более 100 нп). Матрицы, используемые для хромосомного микроматричного анализа, содержат до 2,7 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома. Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов. Комплектация: Система GeneChip™ Scanner 3000 7G System включает в себя: сканер GeneChip Scanner 3000 7G; промывочные станции Fluidics Station 450; гибридизационную печь Hybridization Oven 645. Рабочий процесс, проводимый системой GeneChip™ Scanner 3000 7G System, включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию и гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию. Эту систему можно приобрести с или без мощной компьютерной рабочей станции с четырехъядерными Xeon процессорами, сервера Affymetrix GeneChip Command Console (AGCC) и GeneChip AutoLoader. Анализ полученных данных осуществляется с помощью бесплатных и постоянно обновляемых программ: Chromosome Analysis Suite (ChAS): для анализа числа копий; Multi-Sample Viewer (MSV): для анализа числа копий и соматических мутаций у большого количесва образцов одновренменно; Somatic Mutation Viewer 1.1, для соматичесих мутаций; Nexus Express Software для анализа числа копий и соматических мутаций. Особенности прибора: компактный размер для лучшего использования пространства; сканирование с более высоким разрешением от 0,51 до 2,5 мкм пикселизации, автоматически выбираемые по типу микроматрицы; оптимальная однородность изображения и эффективность сбора всей области сканирования благодаря запатентованной технологии Applied Biosystems™ Flying Objective™; отсутствие дрейфа лазера и снижение вариабельности от сканера к сканеру; автоматическая регулировка коррекции остаточной дуги и x-линейности; совместимость с автозагрузчиком GeneChip Autoloader для самостоятельного сканирования до 48 микроматриц одновременно. Технические характеристики системы: время сканирования: 5-45 минут на один картридж в зависимости от типа микроматрицы; габариты, Г × В × Ш, см: 33 x 56 x 58 см, дополнительно 20 см к высоте для GeneChip AutoLoader; вес: 31,8 кг, 47,6 кг с GeneChip AutoLoader; питание: Напряжение: 100–240 В, ток: 2–4 А, частота: 50–60 Гц; связь с ПК: Dell™ Precision T5600XL Workstation; процессор: Intel™ Xeon™ Processor E5-2620; память: 8.0 GB; жесткий диск: Dual 900 GB; ОС: Microsoft™ Windows™ 7 Professional 64-bit; контроллер сетевого интерфейса: Разрабатан с предустановленными и специализированными платами для контроля GeneChip Scanner или Applied Biosystems™ GeneChip™ Fluidics Station; DVD: 8x max DVD-R drive and 16x max DVD-RW drive; видео монитор: 20 in. flat-screen LCD monitor.

Thermo FS Система для микроматричного анализа GeneTitan Multi-Channel
A39053_компл							По запросу По запросу
Система GeneTitan Multi-Channel — автоматическая высокопроизводительная станция для хромосомного микроматричного анализа (ХМА), анализа экспрессии генов, полногеномного SNP генотипирования и анализа микробиома, позволяет параллельно обрабатывать большое количество образцов без присмотра оператора. Система GeneTitan Multi-Channel обьединяет в себе печь гибридизации, отмывочные станции и устройство визаулизации, что позволяет полностью автоматизировать процесс проведения анализа. Данная система поддерживает 16-, 24-, 96- и 384-луночные микроматричные планшеты, благодаря чему становится возможным единовременное и автоматическое проведение анализа большого количества образцов. Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) позволяет обнаружить: вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, в т.ч.: микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. до млн. п.н (и точное определение их генного состава); анеуплоидии; несбалансированные транслокации; точное определение точек разрыва; мозаицизм; нарушение плоидности; участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетрозиготности (cnLoH); хромотрипсис; определить точечные полиморфизмы (SNP); выявить частые мутации в генах; определить видовую принадлежность ДНК; провести анализ экспрессии генов. Применения в клинической практике: в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода; в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, задержкой развития, аутизмом; для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности; в онкологии для исследования опухолевых клеток. Применения в агрогенетике: идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных; ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий. Принцип работы: Для проведения ХМА используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 н.п.) или фрагменты ДНК (более 100 н.п.). Матрицы, используемые для ХМА, содержат до 2,7 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома. Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов. Этапы работы Системы GeneTitan Multi-Channel Рабочий процесс, проводимый системой GeneTitan Multi-Channel, включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию и гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию. Анализ полученных данных проводится с помощью бесплатных программ RHAS, MSV, ChAS. GeneTitan Multi-Channel работает без присмотра в течение ночи, обеспечивая в 10 раз большую производительность по сравнению с другими платформами, а уникальная степень автоматизации означает превосходную воспроизводимость и повышенную уверенность в ваших результатах: всего 30 минут для любой микроматрицы, изображения микроматрицы менее, чем за 5 минут, работает без присмотра специалиста в течение ночи; удовлетворяет потребности как в средней, так и в высокой пропускной способности, позволяет сократить время обработки данных при меньшем количестве ресурсов; есть возможность проводить исследования экспрессии генов и генотипирования на различных микроматрицах; предназначена для получения высококачественных согласованных данных путем обработки нескольких образцов в идентичных условиях; создание гибких рабочих процессов и регистрация образцов с помощью программного обеспечения GeneChip Command Console (AGCC). Комплектация GeneTitan Multi-Channel: GeneTitan Multi-Channel Instrument; рабочая станция; внешний считыватель штрих-кода; ПО командной консоли Applied Biosystems GeneChip (AGCC); APC Smart UPS 1500; ксеноновая дуговая лампа Lambda LS; система управления Lambda SC SmartShutter; запасная ксеноновая лампа; стеклянные бутылки для Wash A/B, DI water и waste; полка для бутылок GeneTitan.