Protocol Builder — сервис для онлайн-планирования нанопорового секвенирования

Компания Oxford Nanopore Technologies запустила новый сервис под названием Protocol Builder. Это онлайн-сервис, доступный всем пользователям нанопоровых секвенаторов, зарегистрированных в Nanopore Community.

Protocol Builder позволяет исследователю полностью выстроить весь эксперимент по нанопоровому секвенированию – от выделения нуклеиновой кислоты до обработки результатов секвенирования.

Процесс онлайн-планирования эксперимента состоит из нескольких этапов:

• выбор задачи эксперимента
• выбор генетического материала
• выбор методики выделения нуклеиновой кислоты
• выбор методики подготовки библиотеки
• выбор методики анализа данных

На каждом этапе возможен выбор уточняющих параметров эксперимента. Например, если поставлена задача по сборке генома – возможны варианты сборки de novo или метагеномной сборки, если предполагается SNP-анализ – то есть возможность выбора таргетного, экзомного или полногеномного секвенирования и т.д.

Затем пользователь выбирает модель секвенатора (MinION, GridlON, PromethION), протокол подготовки библиотеки и тип биологического образца (бактерии, животные или растительные ткани, кровь и т.д.) После этого будет предложен один или несколько вариантов наборов для выделения нуклеиновой кислоты. Исследователь может воспользоваться любым набором, но Oxford Nanopore Technologies рекомендует наборы от Qiagen, которые были протестированы в лаборатории ONT и признаны оптимальными в отношении производительности секвенирования.



На последнем этапе предлагается выбрать ПО для анализа данных – доступное в рамках платформы EPI2ME (разработка ONT) или в рамках Nanopore Community (разработка участников Community).



В итоге исследователь получает протоколы выделения нуклеиновой кислоты и приготовления библиотеки в виде pdf-файлов, ссылку на ПО для анализа данных и список необходимого оборудования и реактивов, производимых ONT и другими компаниями.



Так как Nanopore Community – это открытое сообщество, то каждый его член может принять участие в дальнейшей разработке и усовершенствовании Protocol Builder.

См. также:
Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые.
Выделение и очистка нуклеиновых кислот.