Платформа Affymetrix для генотипирования и анализа экспрессии генов

04.10.2017

Платформа Affymetrix – это комплексные решения для высокопроизводительного генетического анализа, в основе которых лежит гибридизация флуоресцентно-меченных фрагментов генома с олигонуклеотидными ДНК-зондами, закрепленными на твердой подложке (технология ДНК-микрочипов). Эти решения широко используются для фундаментальных и прикладных исследований ДНК (для генотипирования) и РНК (для анализа экспрессии генов). Формат ДНК-чипов: картриджи, плашки или стрипы.

Гибридизационный ДНК-чип представляет собой твёрдую поверхность, на которую методом фотолитографического синтеза нанесены ДНК-олигонуклеотиды заданной последовательности (так называемые зонды). Зонды могут гибридизоваться с комплиментарными областями фрагментов ДНК, кДНК или РНК, которые предварительно помечены специальными флуоресцентными молекулами. Гибридизация зондов с целевой НК определяется путём детекции флуоресценции или хемилюминесценции.

Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов, для полногеномного анализа, молекулярного кариотипирования, онкологии.

Особо стоит отметить широкую линейку ДНК-чипов для агрогенетики: идентификации и паспортизации сортов и пород сельскохозяйственных растений и животных, а также для ДНК-скрининга селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.

	ДНК-чипы для GWAS-генотипирования в формате картриджей для полногеномного поиска генетических маркеров, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека (GWAS-генотипирование). В комплект входят наборы реактивов, позволяющие анализировать в одном эксперименте от 10 тыс. (Human Mapping) до 1,8 млн (Genome-Wide) генетических маркеров (распространённые и редкие точечные полиморфизмы, анализ числа копий, CNV).
	Чипы Axiom для GWAS-генотипирования в формате плашек по 800 тыс. маркеров для персональной медицины для анализа наследственных заболеваний, генетической предрасположенности к иммунным, воспалительным, онкологическим и другим заболеваниям, фенотипического исследования крови, фармакогеномики и др. Для биобанков, в т.ч. HLA-типирование для трансплантологии; для анализа полиморфизмов в белок-кодирующих областях человеческого генома; для генотипирования различных человеческих популяций (европейская, африканская, латиноамериканская, восточноазиатская); анализа сайтов связывания микроРНК; для генетического анализа сообществ микроорганизмов; для таргетного генотипирования человеческого генома различных форматов (24, 96, 384 лунки), содержащие пользовательские панели полиморфизмов.
	Чипы для генотипирования других живых организмов: для точечного генотипирования и анализа экспрессии генов Arabidopsis thaliana; для анализа генома собаки, в частности, определения чистопородности; для анализа генома лабораторных мышей различных линий.
	Чипы для анализа сельскохозяйственных животных и растений: видоспецифические панели для генотипирования яблони, кукурузы, пшеницы, клубники, хлопка, крупного и мелкого рогатого скота, домашней птицы, лошадей, свиней и др., а также пользовательские панели; панели для выявления однонуклеотидных полиморфизмов, CNV и хромосомных аберраций в человеческом геноме; наборы для выявления хромосомных аберраций, соматических мутаций и CNV в гистологических препаратах для онкологических исследований; реагенты для секвенирования митохондриальной ДНК; реагентика для фармакогенетического анализа.

Продукция Affymetrix для анализа РНК (экспресии генов):

реактивы 3’ IVT Expression Profiling для построения экспрессионного профиля различных живых организмов — человека, мыши, крысы и др.;
для анализа экспрессии человеческих генов — более 8500 последовательностей, верифицированных по NCBI RefSeq, 10000 полноразмерных генов и более 47000 транскриптов для анализа экспрессии генов в организме мыши или крысы;
реактивы нового поколения для построения экспрессионного профиля транскриптома человека, мыши, крысы, позволяющие также идентифицировать альтернативный сплайсинг или длинные некодирующие РНК.

Оборудование для пробоподготовки и работы с чипами Nimbus — автоматическая станция для пробоподготовки при работе с чипами Axiom – амплификация ДНК, фрагментация, очистка, гибридизация и окрашивание; пробоподготовка после ПЦР. Пробоподготовка может быть осуществлена автоматически с помощью станции Beckman Coulter Biomek FX. GeneTitan – автоматическая платформа для SNP-генотипирования и анализа экспрессии генов на микрочипах Axiom в формате Array Plates. На этой платформе предлагаются два прибора – одноканальный GeneTitan для анализа экспрессии генов и мультиканальный GeneTitan MC для анализа экспрессии генов и генотипирования. GeneAtlas предназначена для анализа экспрессии генов; работает с чипами в формате стрипов. GeneChip – для работы с ДНК-чипами в формате картриджей, включает полный комплект оборудования (сканер, станция пробоподготовки, гибридизационная печь, ПК со специальным ПО). ПО для анализа ДНК-микрочипов: для анализа человеческого генома, анализа сообществ микроорганизмов (микробиома), таргетного SNP-генотипирования, экспорта данных в базу генотипов крупного рогатого скота (Council of Dairy Cattle Breeding database), анализа результатов SNP-генотипирования с помощью графического интерфейса, хромосомных аберраций, экспрессии генов и транскриптомный анализ.

Сервисные услуги для исследователей

Дизайн и производство чипов для решения конкретной задачи по генотипированию или экспрессии генов различных живых организмов, выполнение исследовательских работ в лаборатории Affymetrix: генотипирование на базе Axyom, GWAS-исследования на базе SNP Array 6.0, исследования гистологических срезов на базе OncoScan.