HLA-типирование NGS с наборами Omixon – производительность и достоверность!

04.12.2018

HLA — аббревиатура, расшифровываемая как Human Leucocyte Antigen, человеческие лейкоцитарные антигены. Этим термином обычно называют комплекс генов, кодирующих белки клеточной поверхности, ответственные за регуляцию деятельности иммунной системы. Другое название этих белков — главный комплекс гистосовместимости (Major Histocompatibility Complex, MHC). Каждый человек обладает индивидуальным набором HLA-белков, которые выполняют функцию распознавания организмом клеток по типу «свой-чужой» и, в случае необходимости, помогают запустить иммунный ответ. Белки МНС подразделяются на 2 класса: к первому относятся HLA-A, B и С, ко второму HLA-DP, DQ, DR, DM и DO.

Выявление разновидностей HLA называется HLA-типированием. HLA-типирование не является рутинным обследованием, но в ряде случаев оно необходимо. В первую очередь, HLA-типирование играет ключевую роль при трансплантации. Успешность трансплантации напрямую зависит от совместимости клеток донора и реципиента по HLA, главным образом по HLA-DR. Поэтому HLA-типирование обязательно при создании банков костного мозга и пуповинной крови.

HLA-типирование необходимо при диагностике причин невынашивания беременности. Некоторые сочетания HLA-генотипов супругов являются несовместимыми, и для сохранения плода необходима иммунотерапия.

Кроме того, ряд HLA-генотипов cвязан с повышенным риском аутоиммунных заболеваний, онкологии или повышенной восприимчивостью (или, наоборот, устойчивостью) к инфекционным болезням, таким, как гепатит С.

Методы HLA-типирования можно разделить на 2 группы: иммунологические (серологические) и генетические. Серологические методы менее затратные, но достаточно трудоёмки, и точность этих методов относительно невысока. Поэтому генетические методы становятся всё более распространёнными.

В настоящее время распространены следующие генетические методы:

SSP (метод специфических праймеров, sequence-specific primers);
SSO (метод специфических олигонуклеотидов, sequence-specific oligonucleotides);
секвенирование.

SSP (метод специфических праймеров, sequence-specific primers)		SSO (метод специфических олигонуклеотидов, sequence-specific oligonucleotides)

В основе метода — ПЦР с праймерами, специфичными к определённому варианту или группе вариантов, а затем продукты амплификации анализируются электрофорезом. Метод позволяет достаточно быстро произвести типирование, но могут быть ошибки. Также может потребоваться много анализов для получения точного генотипа.		В основе метода — гибридизация ДНК со специфическими олигонуклеотидами, меченными по технологии xMap. Чипы после гибридизации анализируются на мультиплексном проточном анализаторе (например, Bio-Plex 3D). Эти методы позволяют провести типирование достаточно быстро, но не со 100% точностью. Недостаток этих методов — невозможность точно типировать вариант с нуля. За один прием можно или определить HLA-тип в каких-то рамках, или уточнить тип на основании имеющихся данных. Для получения полного генотипа потребуется множество анализов.

Секвенирование
Секвенирование по Сэнгеру (SBT-typing). Так как гены главного комплекса гистосовместимости (MHC, Major Histocompatibility Complex) имеют значительную протяжённость, то секвенируются только вариабельные области генов HLA (отдельные экзоны). Это точный и быстрый метод, но низкая производительность и недостаточно полное типирование делают его пригодным только для уточнения HLA-типа. Также возможны ошибки при анализе гетерозигот.

NGS. С помощью полногеномного секвенирования можно получить полную последовательность всех генов главного комплекса гистосовместимости. Основные трудности — специфическая амплификация области генома, содержащей эти гены, и правильная интерпретация результатов секвенирования. Комплекты для HLA-типирования Holotype HLA, Omixon успешно решают обе задачи. Продукт включает в себя набор реагентов для пробоподготовки, в том числе уникальные праймеры для специфической амплификации до 11 локусов HLA, а также программное обеспечение HLA Twin для интерпретации результатов секвенирования. Holotype HLA предназначен для секвенирования на платформе Illumina и обеспечивает высокую производительность — за один прогон на секвенаторе MiSeq можно проанализировать от 4 до 96 образцов по 11 локусам, до 192 образцов по 7 локусам или до 288 образцов по 5 локусам. Полное и равномерное покрытие всей области генов главного комплекса гистосовместимости сочетается с балансом между аллелями в одном локусе, между локусами в одном образце и между образцами в одном анализируемом пуле ДНК. Достоверность интерпретации результатов обеспечивается двумя независимыми алгоритмами консенсусного и статистического генотипирования. Также программное обеспечение HLA Twin даёт возможность выявления нулевых и новых аллелей генов МНС. Ещё одно преимущество — HLA Twin может использоваться на платформах Windows, OS X и Linux. Кроме Holotype HLA, Omixon предлагает другие продукты: наборы Monotype HLA и программное обеспечение HLA Explore. Наборы Monotype HLA предназначены для генотипирования отдельных локусов МНС, связанных с повышенным риском некоторых заболеваний. Например, набор Monotype HLA-DQ предназначен для выявления аллелей риска целиакии и нарколепсии. Возможен также дизайн праймеров для анализа любых локусов по заказу исследователя.

Программное обеспечение HLA Explore предназначено для HLA-генотипирования на основе данных секвенирования, полученных на различных платформах — Illumina, Ion Torrent, PacBio и Nanopore. Для интерпретации могут использоваться результаты таргетного, экзомного или полногеномного секвенирования.

Наборы Holotype HLA предназначены для типирования генов HLA I класса по локусам HLA-A, B, С и II класса HLA- DQA1/B1, DRB1/B3/B4/B5, DPA1/B1.

Продукт доступен в двух форматах – для одновременного анализа 24 или 96 образцов по 5, 7 или 11 локусам HLA.

Планшеты, входящие в состав набора, для удобства по желанию клиента могут идти в трех конфигурациях – A, B, C. Это подразумевает, что каждый последующий планшет продолжает нумерацию предыдущего.

Таким образом, с 3-мя наборами 96/5 можно проанализировать до 288 образцов, имея планшеты с тремя конфигурациями.

Все наборы Holotype HLA соответствуют стандарту ISO-13485 / GMP. Для продуктов, анализирующих одновременно 7 и 11 локусов HLA, возможна маркировка CE-IVD, подтверждающая соответствие требованиям ЕС.

Тип набора	Локусы	Количество анализируемых образцов
Набор из 5 локусов	A, B, C, DRB1, DQB1	96
Набор из 7 локусов	A, B, C, DRB1, DQA1/B1, DPB1	24/96
Набор из 11 локусов	A, B, C, DRB1/B3/B4/B5, DQA1/B1, DPA1/B1	24/96

Наборы Monotype HLA предназначены для типирования отдельных локусов HLA-B и DQ. Они используются, в основном, для выявления отдельных заболеваний, исследований в области популяционной генетики и тестирования чувствительности к лекарственным средствам.

Так же, как и Holotype HLA, Monotype HLA доступны в 2 форматах – для одновременного анализа 24 или 96 образцов в трех конфигурациях.

Состав продуктов Holotype HLA и Monotype HLA:

праймеры;
набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 24 или 96 образцов;
96-луночный планшет;
программное обеспечение HLA Twin.

Программное обеспечение HLA Twin защищено ключами и поставляется бесплатно для пользователя при покупке набора.

В случае использования набора Monotype HLA с самостоятельно сконструированными праймерами Omixon предлагает к использованию специально разработанное ПО HLA Explore.

Пока нет данных. Перейти в каталог

Развернуть все Названия полностью

Omixon Набор Monotype HLA-AB 96, локус HLA-A и B
HLA-AB 24
HLA-AB 24	24 образца	По запросу По запросу
HLA-AB 96	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA-AB 96 предназначен для типирования генов HLA по локусам HLA-A и B. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Monotype HLA-DQ 96, локус HLA-DQ
HLA-DQ 24
HLA-DQ 24	24 образца	По запросу По запросу
HLA-DQ 96	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA-DQ 96 предназначен для типирования генов HLA по локусу HLA-DQ. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Monotype HLA-B 96, локус HLA-B
HLA-B 24
HLA-B 24	24 образца	По запросу По запросу
HLA-B 96	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA-B 96 предназначен для типирования генов HLA по локусу HLA-B. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/11, 11 локусов, маркировка CE-IVD
HLA 96/11 CE	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/11 предназначен для типирования генов HLA по 11 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 1 по 96; программное обеспечение HLA Twin. Продукт имеет маркировку CE-IVD, подтверждающую соответствие требованиям ЕС.

Omixon Набор Holotype HLA 96/11, 11 локусов, конфигурация C
HLA 96/11 C	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/11 предназначен для типирования генов HLA по 11 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок со 193 по 288; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/11, 11 локусов, конфигурация B
HLA 96/11 B	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/11 предназначен для типирования генов HLA по 11 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 97 по 192; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/11, 11 локусов, конфигурация A
HLA 96/11 A	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/11 предназначен для типирования генов HLA по 11 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 1 по 96; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 24/11, 11 локусов, маркировка CE-IVD
HLA 24/11 CE	24 образца	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 24/11 предназначен для типирования генов HLA по 11 локусам –HLA- A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1. Набор рассчитан на 24 образца. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 24 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin. Продукт имеет маркировку CE-IVD, подтверждающую соответствие требованиям ЕС.

Omixon Набор Holotype HLA 24/11, 11 локусов
HLA 24/11	24 образца	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 24/11 предназначен для типирования генов HLA по 11 локусам –HLA- A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1. Набор рассчитан на 24 образца. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 24 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/7, 7 локусов, маркировка CE-IVD
HLA 96/7 CE	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/7 предназначен для типирования генов HLA по 7 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 1 по 96; программное обеспечение HLA Twin. Продукт имеет маркировку CE-IVD, подтверждающую соответствие требованиям ЕС.

Omixon Набор Holotype HLA 96/7, 7 локусов, конфигурация C
HLA 96/7 C	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/7 предназначен для типирования генов HLA по 7 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок со 193 по 288; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/7, 7 локусов, конфигурация B
HLA 96/7 B	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/7 предназначен для типирования генов HLA по 7 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 97 по 192; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/7, 7 локусов, конфигурация A
HLA 96/7 A	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/7 предназначен для типирования генов HLA по 7 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 1 по 96; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 24/7, 7 локусов, маркировка CE-IVD
HLA 24/7 CE	24 образца	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 24/7 CE предназначен для типирования генов HLA по 7 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPB1. Набор рассчитан на 24 образца Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 24 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin. Продукт имеет маркировку CE-IVD, подтверждающую соответствие требованиям ЕС.

Omixon Набор Holotype HLA 24/7, 7 локусов
HLA 24/7	24 образца	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 24/7 предназначен для типирования генов HLA по 7 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPB1. Набор рассчитан на 24 образца Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 24 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 24/5, 5 локусов
HLA 24/5	24 образца	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 24/5 предназначен для типирования генов HLA по 5 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQB1. Набор рассчитан на 24 образца. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 24 образцов; 96-луночный планшет; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/5, 5 локусов, конфигурация B
HLA 96/5 B	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/5 предназначен для типирования генов HLA по 5 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 97 по 192; программное обеспечение HLA Twin.

Omixon Набор Holotype HLA 96/5, 5 локусов, конфигурация A
HLA 96/5 A	96 образцов	По запросу По запросу
Набор Holotype HLA 96/5 предназначен для типирования генов HLA по 5 локусам – HLA- A, B, C, DRB1, DQB1. Набор рассчитан на 96 образцов. Состав: праймеры; набор реагентов для пробоподготовки и специфической амплификации 96 образцов; 96-луночный планшет с нумерацией лунок с 1 по 96; программное обеспечение HLA Twin.