Микроматричный анализ

Система GeneTitan Multi-Channel — автоматическая высокопроизводительная станция для хромосомного микроматричного анализа (ХМА), анализа экспрессии генов, полногеномного SNP генотипирования и анализа микробиома, позволяет параллельно обрабатывать большое количество образцов без присмотра оператора.

Система GeneTitan Multi-Channel обьединяет в себе печь гибридизации, отмывочные станции и устройство визаулизации, что позволяет полностью автоматизировать процесс проведения анализа.

Данная система поддерживает 16-, 24-, 96- и 384-луночные микроматричные планшеты, благодаря чему становится возможным единовременное и автоматическое проведение анализа большого количества образцов.

Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) позволяет обнаружить:

• вариации числа копий ДНК (CNV) всего генома, в т.ч.:
• микроделеции/микродупликации размером от 1 тыс. до млн. п.н (и точное определение их генного состава);
• анеуплоидии;
• несбалансированные транслокации;
• точное определение точек разрыва;
• мозаицизм;
• нарушение плоидности;
• участки потери гетерозиготности (LoH), включая копий-нейтральные участки потери гетрозиготности (cnLoH);
• хромотрипсис;
• определить точечные полиморфизмы (SNP);
• выявить частые мутации в генах;
• определить видовую принадлежность ДНК;
• провести анализ экспрессии генов.

Применения в клинической практике:

• в пренатальной диагностике для поиска хромосомной патологии плода;
• в постанальной диагностике для детей со множественными пороками развития, задержкой развития, аутизмом;
• для анализа постабортного материала для установления причины потери беременности;
• в онкологии для исследования опухолевых клеток.

Применения в агрогенетике:

• идентификация и паспортизизация сорта и породы сельскохозяйственных растений и животных;
• ДНК-скрининг селекционных маркеров при скрещивании и выявлении наследуемых патологий.

Принцип работы:

Для проведения ХМА используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 н.п.) или фрагменты ДНК (более 100 н.п.).

Матрицы, используемые для ХМА, содержат до 2,7 млн. специфических олигонуклеотидов. Благодаря этому получают информацию о наличии генетического материала в аналогичном количестве точек генома. За счет высокой плотности маркеров можно определить минимальные потери/увеличение генетического материала всех регионов генома.

Задавая нужную последовательность ДНК-зондов, можно конструировать чипы для выявления практически любых последовательностей ДНК, определения точечных полиморфизмов (SNP), анализа копийности любых участков генома (CNV), определения видовой принадлежности ДНК, а также анализа экспрессии генов.



Этапы работы Системы GeneTitan Multi-Channel



Рабочий процесс, проводимый системой GeneTitan Multi-Channel, включает в себя амплификацию ДНК, далее фрагментацию и гибридизацию ДНК, затем лигирование, отмывку и визуализацию. Анализ полученных данных проводится с помощью бесплатных программ RHAS, MSV, ChAS.




GeneTitan Multi-Channel работает без присмотра в течение ночи, обеспечивая в 10 раз большую производительность по сравнению с другими платформами, а уникальная степень автоматизации означает превосходную воспроизводимость и повышенную уверенность в ваших результатах:

• всего 30 минут для любой микроматрицы, изображения микроматрицы менее, чем за 5 минут, работает без присмотра специалиста в течение ночи;
• удовлетворяет потребности как в средней, так и в высокой пропускной способности, позволяет сократить время обработки данных при меньшем количестве ресурсов;
• есть возможность проводить исследования экспрессии генов и генотипирования на различных микроматрицах;
• предназначена для получения высококачественных согласованных данных путем обработки нескольких образцов в идентичных условиях;
• создание гибких рабочих процессов и регистрация образцов с помощью программного обеспечения GeneChip Command Console (AGCC).

Комплектация GeneTitan Multi-Channel:

• GeneTitan Multi-Channel Instrument;
• рабочая станция;
• внешний считыватель штрих-кода;
• ПО командной консоли Applied Biosystems GeneChip (AGCC);
• APC Smart UPS 1500;
• ксеноновая дуговая лампа Lambda LS;
• система управления Lambda SC SmartShutter;
• запасная ксеноновая лампа;
• стеклянные бутылки для Wash A/B, DI water и waste;
• полка для бутылок GeneTitan.