Секвенаторы ДНК 2-го поколения NGS

NGS-секвенаторы (секвенаторы 2 поколения, секвенаторы нового поколения) – современные высокопроизводительные автоматические устройства, предназначенные для быстрого и качественного определения первичной последовательности нуклеиновых кислот методами NGS-секвенирования (next generation sequencing). Дальнейшее развитие технологий секвенирования реализуется внанопоровых секвенаторах 3 поколения.

Читать полностью

См. также

Гель- и хемидокументирующие системы

Гомогенизаторы механические с матриксами (FastPrep и аналоги)

Гомогенизаторы ультразвуковые для нарезки ДНК

Гомогенизаторы универсальные UltraTurrax Tube Drive

ДНК-амплификаторы "классические"

Пиросеквенаторы

Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые

Секвенаторы ДНК по Сэнгеру

Секвенирование NGS

Станции для автоматической подготовки библиотек NGS

Флуориметры детекторы ПЦР

Электрофорез горизонтальный

Электрофорез капиллярный на чипе

Каталоги, статьи, видео

Высокопроизводительное генотипирование в сельском хозяйстве и ветеринарии. Таргетное секвенирование, Thermo FS, листовка, 2 стр., русс., 2021 г.

Набор Oncomine Childhood Cancer, Thermo Fisher Scientific, листовка, англ., 2 стр., 2020 г.

Решения для секвенирования транскриптома, Thermo Fisher Scientific, брошюра, русс., 12 стр., 2020 г.

Клинические применения секвенатора Genexus, Thermo FS, листовка, русс., 2 стр., 2021 г.

Сервисная поддержка системы Genexus, Thermo FS, листовка, англ., 4 стр., 2019 г.

Система Ion Torrent Genexus, Thermo FS, листовка, рус., 2 стр., 2020 г.

Интегрированный секвенатор Genexus, Thermo FS, брошюра, англ., 8 стр., 2020 г.

Система пробоподготовки Ion Chef, Thermo FS, листовка, англ., 2 стр., 2017 г.

Система пробоподготовки Ion Chef, Thermo FS, брошюра, англ., 8 стр., 2016 г.

Сервисная поддержка систем Ion GeneStudio S5, Thermo FS, листовка, англ., 4 стр., 2018 г.

Руководство по выбору продукции для Ion GeneStudio S5, Thermo FS, брошюра, англ., 5 стр., 2019 г.

Системы серии Ion GeneStudio S5, Thermo FS, листовка, англ., 4 стр., 2018 г.

Программное обеспечение Ion Reporter Server, Thermo FS, листовка, англ., 2 стр., 2019 г.

Проверка подлинности продуктов питания методом автоматизированного секвенирования, Thermo FS, листовка, русс., 2 стр., 2021 г.

Рабочий процесс на системах секвенирования нового поколения Ion S5 и Ion S5XL, Thermo FS, англ., 2015 г.

Системы секвенирования нового поколения Ion S5 и S5 XL, основные преимущества, Thermo FS, англ., 2015 г.

Сервер и программное обеспечение Ion Reporter, легкий путь от биоинформатики к результатам секвенирования, Thermo FS, англ., 2015 г.

Что можно сделать с использованием химии Ion AmpliSeq, Thermo FS, англ., 2015 г.

Достоинства рабочего процесса секвенирования при использовании системы Ion Chef, Thermo FS, англ., 2016 г.

Представляем системы серии Ion GeneStudio S5 для секвенирования нового поколения, Thermo FS

Знакомство с системами для секвенирования нового поколения серии Ion GeneStudio S5, Thermo FS, англ., 2018 г.

Рабочий процесс секвенирования на платформе Ion GeneStudio S5 со станцией пробоподготовки Ion Chef, Thermo FS, англ., 2018 г.

Знакомство с новой системой высокопроизводительного секвенирования Ion Torrent Genexus, Thermo FS, англ., 2020 г.

Технология полупроводникового секвенирования нового поколения Ion Torrent, Thermo FS, англ., 2020 г.

Что такое химия Ion AmpliSeq?, Thermo FS, англ., 2015 г.

Подготовка библиотеки секвенирования следующего поколения, Thermo FS, англ., 2015 г.

Когда использовать секвенирование по Сэнгеру в сравнении с NGS?, Thermo FS, англ., 2015 г.

Что такое точность в секвенировании следующего поколения (NGS)?, Thermo FS, англ., 2015 г.

Вебинар 20.10.22. Генетический анализ – доступные инструменты для молекулярной генетики

Доклад 20.10.22. Биоанализаторы Qsep – предварительный анализ нуклеиновых кислот и не только

Доклад 20.10.22. Секвенирование нуклеиновых кислот – с чем работать генетику в новых условиях

Пока нет данных. Перейти в каталог

Фильтр

Сортировать:

Развернуть все Названия полностью

Illumina

Секвенатор ДНК 2-го поколения, 15 гигабаз, оптический, MiSeq

SY-410-1003

Регистрационное удостоверение на медицинское изделие Росздравнадзора

По запросу

Настольный интегрированный инструмент для NGS, включающий в одном приборе блоки для подготовки образцов (образования кластеров), секвенирования и обработки данных и интерфейс для управления. Принцип секвенирования основан на технологии Solexa, включающей обогащение методом bridge-ПЦР на проточном чипе, секвенирование методом синтеза (SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидов и детекцию света флуоресценции от кластеров ДНК.

Основные применения:

ресеквенирование ампликоновых библиотек;
проверка результатов клонирования и генной модификации;
мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов);
таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней;
поиск мутаций;
HLA-типирование;
секвенирование малых РНК;
эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования;
целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.

Продолжительность запуска, часов – 4-55;
максимальная производительность, Гб – 15;
число прочтений за запуск, млн – 1-25;
максимальная длина прочтения – 2×300 п.н.

Thermo FS

Секвенатор ДНК 2-го поколения, 15 гигабаз, полупроводниковый, Ion GeneStudio S5

A38406_компл

По запросу

Серия Ion GeneStudio S5 — это линейка высокоскоростных полупроводниковых настольных систем секвенирования следующего поколения (NGS). Имеется возможность масштабирования производительности на одной платформе, в зависимости от задач исследования, путем выбора одного из пяти чипов Ion Torrent. Возможность автоматической подготовки библиотеки, подготовки шаблона и загрузки чипа с использованием системы Ion Chef.

Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540;
время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
вес — 63,5 кг.

Производительность и время запуска:

Тип чипа	Количество прочтений, млн	Длина прочтения (выход)	Время секвенирования и анализа (суммарно), часы
Ion 510	2-3	200 п.н. 0,3–0,5 Гб	4,5
Ion 510	2-3	400 п.н. 0,6–1 Гб	10,5
Ion 520	4-6	200 п.н. 0,6–1 Гб	7,5
	4-6	400 п.н. 1,2–2 Гб	12
	3-4	600 п.н. 0,5–1,5 Гб	12
Ion 530	15-20	200 п.н. 3–4 Гб	10,5
	15-20	400 п.н. 6–8 Гб	21,5
	9-12	600 п.н. 1,5–4,5 Гб	21
Ion 540	60-80	200 п.н. 10–15 Гб	19

Thermo FS

Секвенатор ДНК 2-го поколения, 24 гигабазы, полупроводниковый, Ion Torrent Genexus

A46386_компл

По запросу

Интегрированный секвенатор Ion Torrent Genexus — это высокопроизводительная система секвенирования следующего поколения, которая объединяет подготовку библиотеки, создание шаблонов и секвенирование в однодневный автоматизированный запуск на одном приборе.

Время однополосного запуска — 14 часов (от 24 до 30 часов для полного чипа), до 32 образцов за цикл;
до четырех одновременных анализов на чипе GX5 за один запуск (максимум 60 млн. прочтений);
гибкое и экономичное планирование прогонов с использованием многополосных, многопроходных чипов секвенирования;
автоматическая подготовка библиотек;
автоматическая загрузка частиц Ion Sphere и создание шаблонов;
отслеживание расходных материалов в режиме реального времени с помощью инструмента для определения загрузки расходных материалов во время настройки прогона;
расходные материалы можно использовать в течение 14 дней после загрузки в прибор.

Thermo FS

Секвенатор ДНК 2-го поколения, 25 гигабаз, полупроводниковый, Ion GeneStudio S5 Plus

A38409_компл

По запросу

Серия Ion GeneStudio S5 — это линейка высокоскоростных полупроводниковых настольных систем секвенирования следующего поколения (NGS). Имеется возможность масштабирования производительности на одной платформе, в зависимости от задач исследования, путем выбора одного из пяти чипов Ion Torrent. Возможность автоматической подготовки библиотеки, подготовки шаблона и загрузки чипа с использованием системы Ion Chef.

Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540, Ion 550;
время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
вес — 63,5 кг.

Производительность и время запуска:

Тип чипа	Количество прочтений, млн	Длина прочтения (выход)	Время секвенирования и анализа (суммарно), часы
Ion 510	2-3	200 п.н. 0,3–0,5 Гб	3
Ion 510	2-3	400 п.н. 0,6–1 Гб	5
Ion 520	4-6	200 п.н. 0,6–1 Гб	3,5
	4-6	400 п.н. 1,2–2 Гб	5,5
	3-4	600 п.н. 0,5–1,5 Гб	5,5
Ion 530	15-20	200 п.н. 3–4 Гб	5
	15-20	400 п.н. 6–8 Гб	8
	9-12	600 п.н. 1,5–4,5 Гб	8
Ion 540	60-80	200 п.н. 10–15 Гб	10
Ion 540	60-80	200 п.н. 20–30 Гб 2 запуска в день	20
Ion 550	100-130	200 п.н. 20–25 Гб	11,5

Thermo FS

Секвенатор ДНК 2-го поколения, 50 гигабаз, полупроводниковый, Ion GeneStudio S5 Prime

A38412_компл

По запросу

Серия Ion GeneStudio S5 — это линейка высокоскоростных полупроводниковых настольных систем секвенирования следующего поколения (NGS). Имеется возможность масштабирования производительности на одной платформе, в зависимости от задач исследования, путем выбора одного из пяти чипов Ion Torrent. Возможность автоматической подготовки библиотеки, подготовки шаблона и загрузки чипа с использованием системы Ion Chef.

Совместимые чипы — Ion 510, Ion 520, Ion 530, Ion 540, Ion 550;
время секвенирования от 2,5 до 4 часов;
ПО Torrent Suite — первичный анализ данных, Ion Reporter — вторичный анализ и аннотация данных;
при использовании чипов Ion 540 и Ion 550 анализ результатов с первого чипа производится одновременно со вторым запуском;
размеры, Ш × Г × В, см — 54,2 × 80,6 × 50,9;
вес — 63,5 кг.

Производительность и время запуска:

Тип чипа	Количество прочтений, млн	Длина прочтения (выход)	Время секвенирования и анализа (суммарно), часы
Ion 510	2-3	200 п.н. 0,3–0,5 Гб	3
Ion 510	2-3	400 п.н. 0,6–1 Гб	5
Ion 520	4-6	200 п.н. 0,6–1 Гб	3
	4-6	400 п.н. 1,2–2 Гб	5,5
	3-4	600 п.н. 0,5–1,5 Гб	5,5
Ion 530	15-20	200 п.н. 3–4 Гб	4
	15-20	400 п.н. 6–8 Гб	6,5
	9-12	600 п.н. 1,5–4,5 Гб	7
Ion 540	60-80	200 п.н. 10–15 Гб	6,5
Ion 540	60-80	200 п.н. 20–30 Гб 2 запуска в день	10
Ion 550	100-130	200 п.н. 20–25 Гб	8,5
Ion 550	100-130	200 п.н. 40–50 Гб 2 запуска в день	12

Thermo FS

Секвенатор ДНК 2-го поколения, полупроводниковый, Ion GeneStudio S5 для автоматизированной видовой проверки подлинности пищевых образцов

A39513

По запросу

Идентификация видов, присутствующих в образцах пищевых продуктов и кормах, является важным критерием для подтверждения подлинности, проверки происхождения, отслеживаемости сырья и для контроля качества процессов обработки на линиях производства.

Рабочий процесс Thermo Scientific NGS Food использует технологию секвенирования следующего поколения Ion Torrent для обеспечения нецелевого подхода к скринингу, позволяющего идентифицировать виды, содержащиеся в пищевых образцах как однокомпонентного, так и многокомпонентного сырья, путем сравнения с базой данных ДНК видов мяса, растений или рыб.

Ключевая особенность секвенатора ДНК 2-го поколения Ion GeneStudio S5:

сокращение времени работы и сложности – реактивы plug-and-play на основе картриджа;
быстрое получение результатов анализа – полный цикл секвенирования и анализ за часы;
гибкая пропускная способность – выбрать чип, соответствующий вашим требованиям к пропускной способности (набор микросхем Ion 510 или 520 для идентификации видов пищевых продуктов).

Система Ion GeneStudio S5 использует скорость полупроводникового секвенирования, которая обеспечивает получение высококачественных данных секвенирования за несколько часов и позволяет перейти от библиотеки ДНК к данным всего за 24 часа. Благодаря однодневной установке, простому пользовательскому интерфейсу и картриджам с реагентами система Ion GeneStudio S5 проста и удобна в использовании.

Преимущества автоматизированного NGS-скрининга для мультивидовой идентификации:

детекция всех мишеней (мясо, рыба и растения) в одном запуске;
надежные результаты образцов из нескольких категорий продуктов питания (готовые к употреблению блюда, свежие продукты, супы, консервы и т. д);
реагенты на основе картриджей «включай и работай»;
быстрые результаты – полный цикл секвенирования и анализ за 24 часа;
секвенирование ДНК – наиболее достоверный метод для подтверждения вида;
методика определения вида методом секвенирования соответствует международному стандарту ISO TC 34/SC 16 ISO 22949-1 и ГОСТ 34106-2017.

Thermo FS

Система пробоподготовки Ion Chef System для Ion GeneStudio S5/Plus/Prime, Ion S5/XL

A26671_компл

По запросу

Упрощает и автоматизирует процесс подготовки матрицы и загрузки чипов;
помогает снизить вариабельность получаемых результатов для пользователей любого уровня;
помогает экономить время и силы — на ручную подготовку запуска уходит всего 15 минут, за один запуск система загружает один или два полупроводниковых чипа Ion для секвенирования;
совместимость с секвенаторами — Ion GeneStudio S5/Plus/Prime, Ion S5/S5 XL, Ion Proton и Ion PGM;
совместимость с чипами — все полупроводниковые чипы Ion;
совместимость с библиотеками — подходит для подготовки матриц для широкого спектра ДНК- и РНК-библиотек, в том числе библиотек Ion AmpliSeq;
мощность, Вт — 1350;
габариты, Ш × Г × В, см — 71,4 × 70 × 56,1;
вес, кг — 68,2.

Комплект поставки: инструмент Ion Chef System, два года гарантии, инсталляционный набор.

Скачать материалы pdf:

Система Ion Chef, Thermo Fisher Scientific, листовка, русск, 2 стр. >>>

Видео:

Система Ion Chef предоставляет свободу, рабочий процесс

NGS-секвенаторы (секвенаторы 2 поколения, секвенаторы нового поколения) – современные высокопроизводительные автоматические устройства, предназначенные для быстрого и качественного определения первичной последовательности нуклеиновых кислот методами NGS-секвенирования (next generation sequencing). Дальнейшее развитие технологий секвенирования реализуется в нанопоровых секвенаторах 3 поколения.

Технологии секвенирования 2 поколения

Определение последовательности нуклеиновых кислот методами высокопроизводительного секвенирования представляет собой одновременное (параллельное) прочтение последовательности нескольких миллионов разных (относительно коротких) фрагментов исходной ДНК.

Достоинства NGS: высокая производительность, низкая стоимость на один нуклеотид, возможность таргетного, экзомного или полногеномного исследования, возможность секвенирования без каких-либо априорных знаний о последовательности ДНК.

Недостатки NGS: высокая стоимость некоторых реагентов, большая длительность прогона (некоторые модели), ошибки в GC-богатых участках (решается ресеквенированием методом Сэнгера), сложная обработка полученных данных, ограниченные возможности выявления крупных делеций, инсерций, транслокаций (решается методом сравнительной геномной гибридизации).

Основные современные технологии NGS

Существует несколько методов NGS различных по принципам секвенирования, но так или иначе любой способ начинается с приготовления библиотеки ДНК (определяет 90% успеха секвенирования). Наиболее популярные сейчас технологии NGS не позволяют читать непосредственно геномную или кДНК и предполагают амплификацию исходных молекул. Образец ДНК, определенным образом фрагментированный и амплифицированный, называется библиотекой случайных фрагментов ДНК для NGS.

А-эмульсионная ПЦР; Б-мостиковая ПЦР Подготовка библиотеки обычно включает следующие этапы: выделение и очистка ДНК/РНК — количественная оценка (с использованием флуориметра, наноспектрофотометра либо ПЦР в реальном времени, цифровой ПЦР) — фрагментирование (нарезка на фрагменты определенной длины путем расщепления ультразвуком или ферментами) - оценка качества фрагментированной ДНК (оценка длин фрагментированной ДНК обычно проводится с использованием систем капиллярного электрофореза на чипе, кроме оценки степени разрушения исходной ДНК это же оборудование можно использовать для выявления димеров, праймеров и не сработавших адаптеров, а также определения размеров полученной библиотеки) — предварительная амплификация библиотеки (не более 13-15 циклов, требуется в том случае, если количество исходной ДНК гораздо ниже рекомендуемого) — отбор фрагментов нужной длины (необходим для повышения качества секвенирования, наилучшим решением на этом этапе является использование специальных систем препаративного электрофореза) — лигирование адаптеров — клональная амплификация (мостиковая или эмульсионная ПЦР). Приготовление библиотек возможно вручную либо автоматизированно.

Секвенирование синтезом (принцип метода) Секвенирование синтезом (технология «Solexa») - секвенирование осуществляется с использованием четырех меченых разными флуорофорами нуклеотидов, 3′-конец которых заблокирован (обратимые терминаторы), что не позволяет включать ДНК-полимеразе в синтезируемую цепь более одного основания за цикл. Процесс секвенирования идет циклически, параллельно, на множестве чипов. Каждый цикл состоит из следующих этапов:

Внесение всех типов нуклеотидов в проточный чип с ПЦР-продуктами (после мостиковой ПЦР);
Включение ДНК-полимеразой одного меченого нуклеотида и вымывание остальных;
Детекция флуоресценции от каждого ПЦР-продукта;
Снятие 3′- блока вместе с флуорофором (промывка).

Принцип технологии Ion Torrent Полупроводниковое секвенирование (технология Ion Torrent) - секвенирование начинается с отжига праймера, комплементарного адаптеру на одном из концов библиотеки ДНК. Затем к синтезируемой цепи ДНК по очереди добавляют обычные трифосфаты (dNTP). Если добавленный нуклеотид оказывается комплементарен матрице, ДНК-полимераза встраивает его в цепь, при этом выделяется протон (H⁺), вызывающий изменение pH раствора, которое детектируется. Если нуклеотид не подходит, сигнал отсутствует. После каждого добавленного в реакцию нуклеотида прибор выполняет промывку системы для очистки от остатков, не включившихся dNTP данного типа. В настоящее время в Ion Torrent устранены трудности с детекцией гомополимерных участков (ослабление дискретности сигнала в случае протяженного мононуклеотида, например TTTTTTT, в связи с чем становится сложно определить, сколько именно нуклеотидов (5, 6 или 7) присутствует в последовательности). Важным отличием полупроводникового секвенирования от других популярных методов является отсутствие оптического детектора сигнала, что значительно упрощает и удешевляет конструкцию прибора.

Пиросеквенирование - регистрация акта присоединения нуклеотида по образующемуся пирофосфату. Метод основан на синтезе новой ДНК-цепи на иммобилизированной анализируемой ДНК-матрице с участием ДНК-полимеразы в присутствии праймера при последовательном добавлении каждого из dNTP. При встраивании нуклеотида стехиометрически высвобождается пирофосфат (PPi). Он активирует каскад химических реакций, в результате возникает световой сигнал, интенсивность которого прямо пропорциональна числу включенных в цепь нуклеотидов (если подряд идут несколько одинаковых нуклеотидов, сигнал будет ярче). Свет регистрируется камерой и далее анализируется компьютерной программой. Невстроенные нуклеотиды подвергаются деградации ферментом апиразой, и реакция начинается с новым нуклеотидом. Серьезной проблемой метода являются трудности с детекцией гомополимерных участков.

Другие технологии NGS (в настоящее время мало распространены)

454 Life Sciences (один из вариантов пиросеквенирования);
Секвенирование лигированием (технология SOLID).

Области применения NGS-секвенирования

Области применения NGS-секвенирования: секвенирование геномов de novo; идентификация бактерий и патогенных грибов; выявление и подтверждение мутаций; выявление и подтверждение гетерозиготности; выявление и подтверждение SNPs; сравнительное секвенирование; HLA-типирование; генотипирование ВИЧ для идентификации мутаций устойчивости к лекарственным препаратам; онкогенетика, популяционная и географическая генетика (миграции генов в популяциях), идентификация личности по SNP-маркерам; молекулярная филогенетика (систематика живых организмов) и др.

Критерии выбора NGS-секвенатора:

Максимальная производительность (от 1 гигабазы у небольших приборов до 100-120 гигабаз у самых высокопроизводительных);
Постоянная или переменная производительность (возможность использования чипов разной производительности на одном приборе);
Способ подготовки библиотек - ручной или автоматизированный (незаменим при большом потоке образцов);
Время, необходимое на 1 запуск (от нескольких часов до двух суток);
Длина прочтений: более короткие чтения (до 200 п.н.) позволяют работать с деградированной ДНК, но сборка генома из них сложнее чем из более длинных прочтений (400-600 п.н.);
Количество прочтений за запуск (от нескольких миллионов до сотен миллионов);
Точность прочтений.

Наличие Регистрационного удостоверения РосЗдравНадзора уточняйте у специалистов Стар-лаб